PDFBox es un programa de consola para editar PDFs, entre otras permite añadir páginas, separar páginas o añadir una capa encima (logo o texto). Para usarlo, hay que descargarlo de la página original y ejecutarlo con el siguiente comando:
java -jar <archivo descargado> <comando> <opciones>
Para ver los posibles comandos y sus opciones, se puede consultar el manual (en inglés).
Para juntar dos PDFs (a y b) y guardar el resultado en union.pdf:
java -jar pdfbox-app-version.pdf PDFMerger a.pdf b.pdf union.pdf
Si tenemos un documento.pdf y un logo.pdf, y el resultado sería salida.pdf, el comando es el siguiente:
java -jar pdfbox-app-version.pdf OverlayPDF documento.pdf logo.pdf salida.pdf