PDFBox es un programa de consola para editar PDFs, entre otras permite añadir páginas, separar páginas o añadir una capa encima (logo o texto). Para usarlo, hay que descargarlo de la página original y ejecutarlo con el siguiente comando:

java -jar <archivo descargado> <comando> <opciones>

Para ver los posibles comandos y sus opciones, se puede consultar el manual (en inglés).

Para juntar dos PDFs (a y b) y guardar el resultado en union.pdf:

java -jar pdfbox-app-version.pdf PDFMerger a.pdf b.pdf union.pdf

Si tenemos un documento.pdf y un logo.pdf, y el resultado sería salida.pdf, el comando es el siguiente:

java -jar pdfbox-app-version.pdf OverlayPDF documento.pdf logo.pdf salida.pdf